Là con út trong một gia đình trung lưu ở Valvettiturai, một thị trấn nghề cá ở bờ biển phía bắc bán đảo Jaffna, Sri Lanka. Có rất ít thông tin về thời trẻ của ông ta. Jaffna khi ấy được coi là trung tâm văn học và văn hóa Tamil ở Sri Lanka, và cũng là trung tâm của phong trào dân tộc Tamil ngày càng lớn mạnh.

Ông từng kể về nỗi giận dữ điên cuồng đối với quân đội Sri Lanka và bị ảnh hưởng từ một thầy giáo năm học lớp 8, người đã ủng hộ học sinh cầm vũ khí đứng lên. Cuộc đời trốn chạy của Prabhakaran bắt đầu từ 1975, năm xảy ra vụ ám sát Thị trưởng thành phố Jaffna. Một nhóm tự nhận mình là Những con Hổ mới Tamil do Prabhakaran cầm đầu đã đứng ra nhận trách nhiệm. Năm sau đó, Prabhakaran thành lập LTTE.

Bất ổn sau đó đã leo thang thành một cuộc nội chiến đầy đủ quy mô vào tháng 7/1983. LTTE giết chết 13 binh lính Chính phủ Sri Lanka trong một vụ đột kích ở Jaffna. Để đổi lại, khoảng 3.000 người Tamil, chủ yếu ở Colombo, đã bị giết chỉ trong vài ngày bạo lực cuối tháng 7.

Prabhakaran từ một người theo chủ nghĩa dân tộc cực đoan biến thành tên khủng bố khét tiếng. Làn sóng bạo lực năm 1983 – được biết đến là Tháng Bảy Đen Tối – đánh dấu sự bắt đầu của cuộc nội chiến ở Sri Lanka. Từ đó, người Sri Lanka trở nên sợ tháng 7, khoảng thời gian mà LTTE thường "tưởng nhớ" bằng hàng loạt vụ đánh bom và ám sát.

Trong nhiều năm tiếp theo, Prabhakaran dẫn dắt phong trào của ông ta trở thành một tổ chức tôn thờ cá nhân sùng bái bạo lực. "Cuộc đấu tranh vũ trang là một cách để giải phóng những người dân bị áp bức bóc lột của chúng tôi", ông ta nói năm 1984.

LTTE nhanh chóng kiếm được rất nhiều vũ khí nhưng lại thiên về hai trong số các chiến thuật tàn ác nhất: tuyển mộ lính trẻ em và đánh bom tự sát. Trẻ em mới lên 10 được sử dụng để giết hại phụ nữ và trẻ em ở những ngôi làng hẻo lánh, một báo cáo của Liên Hợp Quốc năm 1996 cho biết. Còn theo báo cáo của tổ chức Giám sát Nhân quyền năm 2004, trong những năm 1990, khoảng 40–60% số chiến binh Hổ Tamil ở Sri Lanka thiệt mạng là trẻ em dưới 18 tuổi.

Vụ ám sát Rajiv Gandhi năm 1991 là một minh chứng cho chiến thuật mới của LTTE. Vụ đánh bom liều mạng do phụ nữ thực hiện đã cướp đi mạng sống của Rajiv Gandhi khi ông đi vận động tranh cử ở thị trấn Tamil Nadu. Chính trị gia này trở thành mục tiêu vì ông đã cử lực lượng gìn giữ hòa bình Ấn Độ tới Sri Lanka năm 1987 khi còn làm Thủ tướng.

Prabhakaran ký một thỏa thuận với Chính phủ Sri Lanka vào năm đó nhưng trong 4 năm thương thảo tiếp theo, không bên nào đạt được một thỏa hiệp chính trị về quyền tự trị cho các khu vực đông người Tamil. Đối đầu giữa Hổ Tamil và Chính phủ gia tăng và các vụ ám sát tái diễn.